Für Wasserbetten gibt es die unterschiedlichsten Matratzen, die sich in ihrer Oberfläche und auch in der Füllung voneinander unterscheiden. Meist werden die Wasserbetten durch Zylinder, verschiedene Kammern oder durch Vliesmatten leicht, schwer oder total stabilisiert. Welche Stabilisierungsart dabei die richtige ist, kommt auf die eigenen Anforderungen an den Liegekomfort an und sollte daher ausgiebig getestet werden, bevor man sich für den Kauf von einem bestimmten Wasserbett entscheidet.
Eine weiteres Merkmal bei Matratzen für Wasserbetten ist die Uno- und die Dual-Matratze. Bei einem Uno-System gibt es für ein Doppelbett nur eine große Matratze. Hierbei ist es wichtig, dass eine größtmögliche Wellenberuhigung innerhalb der Matratze gegeben ist, damit man nicht gestört wird, wenn der Bettnachbar sich umdreht oder das Bett verlässt. Ist das Wasserbett ausreichend stabilisiert, dann ergibt sich bei einer Bewegung nur eine sehr leichte Dehnung des Vinyls, die in der Regel weniger wahrgenommen wird, als die Bewegung bei einer herkömmlichen Matratze. Es fängt also in keinem Fall an zu schaukeln. Durch spezielle Vliese kann man zudem die Wellenbewegung auf einer Uno-Matratze in einem Wasserbett noch weiter dämmen.
Eine weitere Möglichkeit sind die Dual-Matratzen, die am häufigsten in einem Wasserbett Anwendung finden. Hierbei sind die einzelnen Matratzen voneinander getrennt, wie man es bei einem herkömmlichen Ehebett auch kennt. Damit werden die Bewegungen des anderen gar nicht auf die eigene Matratze übertragen. Ein weiterer Vorteil dieser Art der Wasserbetten ist, dass die Temperatur für jede Matratze individuell eingestellt werden kann, was bei einer Uno-Matratze in keinem Fall möglich ist.